Historie školy se počítá od 6. března 1910, kdy pod názvem Chlapecká výchovna v Hradci Králové byl otevřen ústav určený pro chlapce s lehkou mentální poruchou a zhoršenou vychovatelností. Ústav byl umístěn v domě čp. 62 na Děkanském náměstí. Dům poskytlo město pro tyto účely již v roce 1909. Prvním správcem byl ustanoven dosavadní učitel ve Ždánicích Josef Pelikán. Výchovna měla postupně dvě pomocné třídy, pokračovací školu, dílnu krejčovskou, obuvnickou, truhlářskou a zahradnictví. Tehdy to bylo ojedinělé zařízení tohoto typu v celém rakouském mocnářství. V březnu 1910 měl ústav dva chovance, ale v září již 27 chovanců. Přijímány byly děti od 8 do 16 let s různými duševními poruchami z oblasti celých Čech. Ústav byl spravován kuratoriem, v čele správní rady byl starosta města JUDr. František Ulrich. V roce 1911 byl počet chovanců 35 a ústav získal souhlas s navýšením kapacity na 47 chovanců. Následující rok však jich měl již 50, ale to již dvanáct chlapců odrostlo škole a byla pro ně zřízena ústavní pokračovací škola. V té době v ústavu pracovali dva učitelé a tři vychovatelé (pěstouni).

Ústav poznamenala první světová válka, kdy zkušení učitelé museli nastoupit do vojenské služby a mladší nezkušení nedokázali udržet především kázeň chovanců. V roce 1914 byla v provozu obuvnická a truhlářská dílna, ale již roku 1916 byla obuvnická dílna zrušena. Ústavu chyběli nejen zkušení pracovníci, ale byly problémy se zajištěním potravin a otopu. To byl také důvod k zavedení chovu vepřů na vlastním školním pozemku. Po válce se ústav postupně konsolidoval, vrátili se původní učitelé a vychovatelé. Do roku 1925 byl ústav ve správě České zemské komise pro ochranu mládeže, která se rozhodla pro nedostatek finančních prostředků tento ústav uzavřít. Tomu zabránil hradecký spolek Chlapecká výchovna, který se stal majitelem ústavu. Následující rok přešel do správy města. Zámožní rodiče platili celé ošetřovné. V roce 1929 měl ústav 68 chovanců. V roce 1930 na ústavu působili tři učitelé             a čtyři mistři.

Snahy o změnu statutu na veřejnou pomocnou školu bylo dosaženo až v roce 1935 výnosem Zemské školní rady ze dne 18. dubna. Do této školy chodili jak chovanci ústavu, tak i postižené děti z Hradce Králové. Do školy bylo přijato 67 dětí, ředitelem školy se stal Josef Pelikán a škola byla přemístěna do budovy čp. 81 v Palackého třídě (dnes ul. V Kopečku), několik tříd zůstalo v budově ústavu (čp. 62). V roce 1937 odešel do důchodu ředitel Josef Pelikán a na jeho místo nastoupil zkušený učitel Václav Zahálka. V roce 1938 se Pomocná škola přestěhovala do druhého poschodí budovy čp. ? v Jiříkově třídě (dnes ul. ČSA). Pokračovací škola zůstala v původní budově a měla dvě oddělení – zahradnické a řemeslnické s obory truhlář, obuvník, krejčí.

Období německé okupace nepřežil výborný ředitel a pedagog Václav Zahálka. Byl zatčen gestapem a umučen. V roce 1941 byla zabrána budova v Jiříkově tř. a učebny byly nouzově umístěny v gymnáziu, kde probíhalo střídavé vyučování. V roce 1942 byly třídy přemístěny do budovy bývalé „šatlavy“ čp. 101 –103 v Dlouhé ul.

Po válce dostala škola název Pomocná škola Václava Zahálky a škola se opět stěhovala, tentokrát do Drtinových škol na Pospíšilově tř. (dnes Gymnázium B. Němcové). V roce 1946 byla ještě zřízena přípravná třída. Učňovské oddělení se v roce 1947 přestěhovalo do Jirkova a budova sloužila jako chlapecká výchovna pro děti schopné výchovy ve věku 6 – 15 let. Neopravovaná budova vedla ke snahám zrušit tento ústav. Nakonec budova začala sloužit jako internát pomocné školy, oficiální název Žákovský domov pro žáky zvláštní školy, dále ŽDŽZŠ, (do 30. 11. 1947 byla „výchovna“ soukromým ústavem).

Ve školním roce. 1948/49 získala pomocná škola budovu čp. 90 Na Hradě (dnes ZŠ a MŠ Jana Pavla II.). Měla pět tříd a jednu třídu přípravnou. V roce 1949 se přejmenovala na Zvláštní školu.

Rozhodnutím Východočeského KNV byla škola k 1. 9. 1949 rozdělena na dvě samostatné školy. První zvláštní škola byla umístěna v již zmíněné budově čp. 101 – 103 a navštěvovali ji pouze žáci z internátu v čp. 62 v Rokitanského ul. Ředitelem byl jmenován Jan Střádal, později pak Josef Široký. Druhá zvláštní škola (v budově Na Hradě čp. 90), sloužila výhradně žákům z města a okolí. Byla to škola koedukovaná, později se dvěma třídami romských dětí. Ředitelem byl Jaroslav Hlaváček.

Ke dni 15. července 1955 byl Žákovský domov pro žáky zvláštní školy přemístěn do Lázní Bělohradu a tím skončila existence První zvláštní školy v čp. 101-103. Budova internátu v čp. 62 byla přebudována na Dětský třídící domov, později název Dětský diagnostický ústav v Hradci Králové.

Zůstala tak jedna Zvláštní škola v Hradci Králové, v té době se šesti třídami (71 žák) a jednou třídou romských dětí (19 žáků). Vedle ředitele zde vyučovalo 6 pedagogů a jedna pomocná síla u romských dětí.

Problém s nedostatkem prostor byl vyřešen v roce 1975, kdy byla uvolněna budova čp. 266 v Komenského ul., kde se po stavebních úpravách provedených Vojenskými stavbami zahájilo vyučování 1. září 1977. Škola získala dvanáct nových učeben. Dílny však zůstaly v budově čp. 90 Na Hradě, kde došlo k modernizačním úpravám (ústřední vytápění).

V letech 1981 –1982 pak zde byla provedena generální rekonstrukce, provedená Okresním stavebním podnikem v Hradci Králové. Po odstěhování sousední školy (odborného učiliště) z čp. 230 v Zieglerově ulici proběhla zde rozsáhlá rekonstrukce a budova se stala součástí zvláštní školy. Po roce 1989 v důsledku restitučního zákona měla škola opustit budovu v Komenského ulici. Proto se začal budovat nový moderní areál školy v Hradecké ulici, kam se škola v roce 2000 z obou budov přestěhovala.

To pak umožnilo přestěhovat Církevní základní školu do budov čp. 90 Na Hradě a č.p. 230 v Zieglerově ulici. Tuto náročnou etapu školy řídil současný ředitel PaedDr. Pavel Svoboda (ředitelem od 1.8.1989).

Od roku 1989 začíná prudký rozvoj nabídky školy ve všech vzdělávacích oblastech i poradenství. Všechny součásti byly zřízeny vzápětí, co to školská legislativa umožnila. Škola nyní nabízí (kromě učebních oborů typu E) veškerou nabídku vzdělávání žáků s mentální retardací.

1.9.1993 – Speciálně pedagogické centrum pro mentálně postižené které nabízí své odborné služby klientům z Hradecka a Rychnovska.
1.9.1994 byla při škole otevřena Praktická rodinná škola (typ střední školy) dvouletá, nyní Praktická škola dvouletá a Praktická škola jednoletá
1.9.1996 – byly otevřena Pomocná škola, nyní Základní škola speciální
1.9.1997 – byly otevřeny třídy Přípravného ročníku pro romské děti, nyní Přípravná třída pro děti ze sociálně znevýhodněného prostředí.
1.1.2008 – byla pod naší školu sloučena Speciální mateřská škola Slunečnice

Od roku 1960 se ve vedení vystřídali dva ředitelé a tři ředitelky
p. ředitel Tchýn        1960 – 68
Ilona Hrůzová           1968 – 1974
Jaroslava Jirušová       1974 – 1980
Jitka Chmelíčková      1980 – 1989
Pavel Svoboda           1989 – dosud